Tujuan Sekolah dirumuskan berdasarkan Visi dan Misi Sekolah, juga berdasarkan pada Tujuan Pendidikan Tingkat Satuan Pendidikan, yaitu Pendidikan Dasar adalah meletakkan dasar kecerdasan, pengetahuan, kepribadian, akhlak mulia serta berketerampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut. ‘
Adapun tujuan umum pendidikan SLB Putra Mandiri Surabaya adalah :
1. Meningkatkan keimanan dan ketakwaan kepada Tuhan Yang Maha Esa dan berakhlak mulia.
2. Mempersiapkan peserta didik sebagai bagian dari anggota masyarakat yang mandiri dan berguna dalam kehidupan masyarakat.
3. Memiliki dasar-dasar pengetahuan, kemampuan, dan keterampilan untuk melanjutkan pendidikan pada jenjang yang lebih tinggi.
4. Meningkatkan kreatifitas, keterampilan dan bekerja untuk dapat mengembangkan diri secara terus menerus.
5. Mempersiapkan peserta didik yang disiplin, memiliki sopan santun, tata karma yang terpuji supaya dapat beradaptasi dengan lingkungan sekitar.
6. Menanamkan nilai-nilai luhur dan cinta tanah air diwujudkan melalui kegiatan Peringatan Hari Besar Nasional (PHBN) secara aktif.
7. Menanamkan nilai cinta budaya bangsa dengan mengembangkan keterampilan di bidang seni.
8. Memberikan pendidikan jasmani dan kesehatan agar tertanam kesadaran hidup bersih dan sehat.
9. Mengembangkan kemampuan berbahasa melalui layanan/bimbingan dan Bina/Pengembangan Komunikasi Persepsi Bunyi dan Irama (PKPBI) dan pengembangan diri, pengembangan pribadi dan sosial bagi anak tuna laras.